烟囱防腐在运行工作中，可能会受以下因素影响烟囱工作效果：
首先，烟囱的材质。烟囱的主要形式有2种，单筒式和套筒式。
单筒式是钢筋混凝土筒身，内衬支承在筒身牛腿上。内衬多采用水泥砂浆砌筑普通黏土砖，隔热层通常采用封闭空气层或水泥珍珠岩板或岩棉板；
套筒式是由钢筋混凝土浇筑的受力承重外筒和耐酸耐火砖等砌成的砖内筒，或是整体钢板焊接的钢内筒几部分构成的。
其次，烟囱的运行温度。一般烟气在脱硫时，温度会在50°左右；通过GGH后，温度就可以到达80°左右；如何烟气脱硫不能正常运行的话，烟气温度会高达°。可见，烟囱的运行温度是有变化的，所以我们实施防腐层必须要具有这种可以承受不同温度的反复作用的功能，避免因为温度对防腐层发生损坏，影响防腐效果。
最后，烟囱的腐蚀环境。如果没有烟气换热器的烟囱脱硫系统，将会导致烟气在水分、湿度、温度、密度等方面都不理想。这样会在烟囱内壁外表形成大量凝结酸液，受压力的影响，会在烟囱表面产生渗透压作用，因而所选的防腐材料必须具有良好的抗渗性能。